Zum Ursprung des Namens Fabbenstedt gibt es verschiedene Deutungen. Eine weist auf den möglichen ersten Siedler namens "Fabbe" oder "Vabbe" hin. Mitte des 17. Jahrhunderts taucht der Name "Vabbenstätte" auf. Eine andere Version hält die Verwandtschaft mit dem lateinischen Wort "faba" (Bohne) für möglich.

Wann sich die ersten Menschen in Fabbenstedt niedergelassen haben, ist nicht genau bekannt.

Urnenfunde deuten aber auf eine Besiedlung im 1. Jahrtausend unserer Zeitrechnung hin. Es gab zwei Urnenfunde in Fabbenstedt, die beide in die Karolinger Zeit (8. / 9. Jahrhundert) datiert wurden. (Auf der Stätte Nr. 8 (Langewisch), von Archäologen des Westfälischen Landesmuseums Münster und auf der Stätte Nr. 3 (Kemner) von Professor Langewisch in Bünde).

Der Flurname Kurzenhülsen (Ilexstrauch) im Südwesten ist früher für die ganze Bauernschaft vorherrschend gewesen. 1701 gab es in "Kurzenhulß" die 1. Schule. Wahrscheinlich auf Initiative des Gutsherrn der nahegelegenen Ellerburg. Im Ortsteil Kurzenhülsen waren die Stallungen der Ellerburg. Die vielen Gebäude in diesem Bereich weisen nach Einschätzung von Heimatforschern darauf hin. Nach dem 30jährigen Krieg (1648) gab es in Fabbenstedt 70 Stätten. 40 davon waren Leibeigene der Gutsherren von Benkhausen, der Ellerburg und des Stifts Levern.

Die ersten Fabbenstedter Anwesen wurden auf einem Hügel errichtet zum Schutz vor Überschwemmungen der Aue. Eine andere Gruppe von Siedlern wählte wiederum das Auetal, weil hier die Weiden gute Voraussetzungen für die Haltung von Rindern, Schafen und Pferden boten.

Seit Mitte des 19. Jahrhunderts gehörte Fabbenstedt als selbständige Gemeinde zum Amt Alswede.

Bereits 1965 hatte Fabbenstedt eine Fläche von ca. einem qkm an die nach dem Krieg neu entstandene Stadt Espelkamp abgegeben.

Im Rahmen der Gebietsreform (1973) wurde Fabbenstedt dann eine Ortschaft der Stadt Espelkamp.